在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

分析结论

1、从光敏培育上皮细胞中导出DNA化学交联淀粉酶质

为着溶合光交连核淀粉酶质含量-DNA符合物在LC-MS数据数据分析，作著发掘新一种性质发生变化纯化解决方案，可从DNA中消如果不是你交连核淀粉酶质含量，仅在紫外线时经过立即人类基因组碰触生物富集DNA交连核淀粉酶质含量。用TRIZOL消除染色法质并消除落网获的非交连核淀粉酶，接着将其已经融化以展开RNase助消化不良。经过超声波、剪切得到的核淀粉酶质含量交连DNA的消除物，在硫氰酸胍中高温性质发生变化，并在二腐蚀硅离心分离柱上胸骨后疼痛洗洁以消如果不是你交连核淀粉酶质含量直接左右搞定。经过核酸酶整理从DNA中减少光交连核淀粉酶，并展开胰核淀粉酶酶助消化不良在LC-MS数据数据分析。该工艺重新命名为核淀粉酶质含量交连DNA消除或XDNAX。

图1.血清质交连DNA添加或XDNAX方法图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可直接性触及DNA的淀粉酶质图谱

将光交连的方式应用于MCF7神经元，找到了1,805种侯选人球球血清，在这其中1,191种的存在于3个或比较多次多个中。60%的DNA共同反应组含带核酸融合在一起的GO标注，在较弱核酸融合在一起标注的球球膳食纤维中，最大的的提供位于核纤层球球血清，接下来是参予着色质策划 和神经元分裂主义的球球膳食纤维（图2）。

图2 . 可同时使用 DNA 的蛋清质（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇总了DNA主动的反应组所暗含的血清质-DNA软件界面和具有的核苷酸热塑肽。这具有主要是因为（1）球状DNA通过结构特征域、（2）DNA 通过起居不规律区（IDR）和（3）主要是因为与其他血清质（比如组血清通过血清）、RNA（比如剪接指数）或相分離区室（比如核仁血清）主动的反应而造成的自然环境相近。

图3 . 可直接性沾染 DNA的构成域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、酶联免疫法神经细胞扰动期间内与DNA切合的转录细胞因子

雌刺抗生素肾上腺素受体α（ESR1）驻留下胞质溶胶中，直至遭到其配体，闪避易位到癌体细胞膜核，在在那它与什么是基因组中的指定位置位置联系以激发指定位置的转录软件。将血清饥饿的MCF7癌体细胞膜爆漏于高含量雌刺抗生素（10 nM 17β-雌二醇）44分鐘，与虚拟仿真除理的對照癌体细胞膜相对较这些的DNA互不功用组（图4A）。在这当中，雌刺抗生素热血后DNA互不功用组中的ESR1加剧了30倍（图4B）。总的再说，在1,814个定量分析的血清质-DNA互不功用中，约有9%表明出超过了2倍的相关性变换，并仔细观察到与ESR1具备互不功用的血清如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌性激素处里乳房增生癌人体细胞 DNA 之间用途组的参考值十分（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

工作小结

科研开发流入脱色体组的球胆固醇以熟知 它是如何快速被识别并付诸实际操作的，一直都是科研开发方法人员另一个长期的的追求理想。脱色体组可及性主要是以DNA为机构的视场角开展科研开发，既使，到如今已经，脱色质凝露中的什么球胆固醇与DNA 知道物理化学充分目的尚不了解清楚。采用零空距光化学交联，可知道DNA充分目的组中的而言数球胆固醇，XDNAX方法将最为球胆固醇-DNA充分目的科研开发的强 机器。

拜谱工作小结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的淀粉酶质组学、呈现组学、代谢率组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

基准学术论文：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.