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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已呈现出丰富的怪物可溶性，分为抗肿癌和抗虫毒的作用。通畅，三萜是凭借甲羟戊酸路线人工的，并从天然水仿真植物和病菌中导出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发表过了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的深入分析整形论文。该深入分析感觉三萜类单质野生灵芝粉酸（GA）是能够液态陪养的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的海洋海洋生物转成引起的。顺利通过转录组和营养素质组学工艺进十步经历无柄虫草菌丝体中DHT引起三种虫草酸（GA）的工作机制，并只能根据多个学工艺检查到的不一致性人类基因和不一致性营养素，得出DHT 海洋海洋生物组成 GA 的路经。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录类物质析和工作分类整理

使用对无柄野生灵芝白色念珠菌菌丝体完成转录组测序共实现67230个转录本和14299个单染色体。在这单染色体中，493个被检验为差别的表述染色体（DEGs），这在这当中213个表述上涨，279个表述调低（图1A）。GO含有讲解后，DEGs有生物工程环节（BP）、癌内部材料（CC）和团伙性能（MF）3类。在BP专业等级分类中，现身了前几个子专业等级分类：抗生素类转化消化吸收环节，冰醋酸盐消化吸收环节和甲酸盐消化吸收环节;而在CC专业等级分类中，癌内部外区、突触黏结体、突触机构是前几个亚类。相对MF专业等级分类，甲酸脱氢酶（NAD）生物、防氧化恢复备份酶生物和酸氨（或酰胺）连结酶生物是前几个亚专业等级分类（图1B）。在DEGs的KEGG数字信号通道讲解中，前30条含有度非常高的数字信号通道有27条类属消化吸收，这在这当中二氧化氮消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收数字信号数字信号通道正相关含有（图1D）。

图1|转录多组分析和基本功能类型

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

在对无柄野生灵芝真菌孢子菌丝体积极参与球胆固醇组学了解，共要决定了16,457种独具特色肽、2606种球胆固醇和2588种化学发光法球胆固醇。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰必备条件下，将在2606种球胆固醇中，94种被鉴定结论为性别地域差异表现出来球血清酶（DEPs），这之中52种调涨，42种降低（图2A），图2C凸显了性别地域差异表现出来球血清酶的聚类研究深入具体了解了解热图。从GO了解来说，BP分类凸显，部分数DEPs积极参与醋酸钠盐基础基础新陈新陈分解具体步骤、抗菌素拆分基础基础新陈新陈分解具体步骤和制剂拆分基础基础新陈新陈分解具体步骤。CC类DEPs在血血神经元外区、过阳极腐蚀物质酶体和微体中总量很高，阳极腐蚀恢复原酶抗逆性和甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性在MF类中DEPs的比例图很高（图2B）。与转录组然而似的，KEGG资料信号通路了解凸显，好多DEPs在基础基础新陈新陈分解中丰度，这之中3条最丰度的路经是光合生物学学中的碳规定、碳基础基础新陈新陈分解和MAPK资料资料信号通路（图2D）。还有就是，在了解GO资料库的CC对DEPs积极参与亚血血神经元产品定位了解和参考文献标注（图2E），DEPs基本数据分布在血血神经元质（40.66%）、血血神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），学说上是GAs生物学学提炼的基本地方。

图2|蛋白酶质组的一定量讲解和能力查验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

营生物和转化了和差表组备选DEGs和DEPs设计制作了维恩图，有20个差异化展现什么是基因组遗传（图3A）。对转录组和淀粉酶质组中E组和C组分为的DEGs/DEPs通过聚类解析解析，知道mRNA和淀粉酶质两者有14个调整什么是基因组遗传和4个下降什么是基因组遗传，DEGs与此全文翻译的DEPs展现含量呈正关联，根据Pearson的关联公式解析，在转录组和淀粉酶质组两者在线检测到比较较高的关联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）检测工具后果体现，E组和C组1个DEGs的把你想表达爱出来横向性别差异有明显，另外9个为上浮DEGs，两个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的把你想表达爱出来上升趋势与转录酚类化合物析后果不一。

图3|淀粉酶质组的降钙素原检测解析和用途校验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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