上海拜谱生物科技有限公司-蛋白质组学-代谢组学-单细胞测序-重组蛋白一站式提供多组学联合分析平台

拜谱生物

IJMS | 多组学联合解析二硫键异构酶对拟南芥根系生长的调控机制

发布时间：2024-07-24

蛋清质二硫键异构酶（PDI，EC 5.3.4.1）也是种硫醇-二硫键空气被腐蚀重现酶，在促使底物蛋清质中二硫化橡胶物的空气被腐蚀和重排中起着至关非常重要的用途。在树木中，PDI其主要参与性调节器种子吧发芽和大，提高网站胚乳中补充蛋清的空气被腐蚀收放，也是助于油菜蜜的养成。但是，PDI在植株生長中的用途原来未理论研究过。

2028年9月，大西北大学专业刘亚楠技术团队在IJMS（IF=5.6）上刊登了题写“Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis”的科学探索职称论文。该科学探索根据PDI小分子抑制剂16F16我们要除PDI什么是基因遗传，可以学习什么是基因遗传短缺对草本沉水植物的印象。毕竟具体分析，16F16处置显眼控制拟南芥根茎的衍生。只为进几步学习16F16处置的印象，笔者实用转录组测序和TMT参考值营养物质质组学对处置过的根实行了传达谱了解。几组学联和了解具体分析了16F16处置下拟南芥苗芽根茎大幅度缩短的控制无线网络，其主要所涉苯丙烷生物体获得和草本沉水植物抗生素预警转导方式。拜谱生物为该研究成果提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，这项研究增强了我们对PDIs在拟南芥根系生长中的重要作用的理解，并为16F16处理后根部缩短的调节机制提供了见解。

文章名称：Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis（IJMS，IF=5.6，2024.3）

客户单位：西北大学

研究材料：拟南芥

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

16F16胁迫会抑制拟南芥根系生长

因为与探讨16F16处置对根部产生的危害，采取了根部张拉的标准容量响应试验检测。最终结果体现了16F16处置对拟南芥根部产生有强势能够抑自制用，且因为16F16渗透压的增大，对根部的能够抑自制用不断增强学习。

差异表达基因（DEGs）和差异表达蛋白（DEPs）的分析及亚细胞定位

我完成对16F16补救组和剖析组来转录组测序感觉，16F16补救后共要994个区别描述出DNA，中仅330个DNA调涨，664个DNA降低。降低DNA的次数长远于调涨描述出DNA的次数。由于，还可以估测16F16补救后PDI活性酶的治理和改善然后导致某类涉及到的蛋白质的拆卸遭到不良影响，然后治理和改善了涉及到的DNA描述出的大趋势（图1A）。因为切实一个脚印探究拟南芥根延长的分子式规则，实用TMT球营养素组学分享了比对组和治疗组两者球营养素谱的變化。共监定出120个DEPs，在这当中53个上涨球血清和6七个调低球血清，表明3个与拟南芥根茎大有关于的DEPs均调低（图1B）。

亚组织wifi定位是绝对蛋清质职能的核心基本要素。施用Uniprot网对DEPs的亚组织品牌品牌确定开始分析。会根据分析导致，DEPs其常见处在膜（33,40.24%）和胞质溶胶（13,15.85%）。DEPs其常见品牌定处在组织膜此实际情况进几步适用了已经的得知。所以说，品牌定处在膜的DEPs对16F16正确处理有症状，并会影晌拟南芥秧苗的根长生长发育（图1C）。

图1|DEGs和DEPs的概述或是DEPs的亚上皮细胞导航定位

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

差异表达基因和差异表达蛋白质的通路分析

为深入定量进行分析拟南芥根茎在16F16工作后的调空机能，可以按照GO含有定量进行分析对DEGs和DEPs的基本功能取得特点展开划分。这对转录组测序，GO划分结果体现体现，BP类中取得含有的DEGs参考文献标注为“对敏感性的发生发生反响”、“对的压力的发生发生反响”和“对催化的发生发生反响”，DNA数区别为344个、233个和194个（图2A）。以上的微生物制品的时候中再降DNA的比列很高，表述16F16工作或许主要的可以按照调控与敏感性发生发生反响、胁迫发生发生反响和催化发生发生反响相关联的的时候来降低树种对胁迫的发生发生反响。KEGG径路定量进行分析表述，DEGs在“苯丙烷微生物制品获得”、“树种-副猪嗜血杆菌体互为能力”、“树种荷尔蒙表现转导”、“定粉和白砂糖新陈代谢”和“MAPK表现径路-树种”等经由中含有。除树种荷尔蒙表现转导径路外，其他的4种径路中再降DNA较多（图2B）。

确认蛋白质组学结果浅析挖掘，KEGG中相关性生态学富集的前10个是“苯丙烷类生态学结合”、“光合反应”、“繁多蕨类植物次生分解消化吸收物的生态学结合”、“次生分解消化吸收物的生态学结合”并且“分解消化吸收经由”（图2D）。

图2|不同表示什么是基因和不同表示营养素质的信号通路了解、

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

蛋白质组学和转录组学联合分析

为着折射出DEGs和DEPs当中的相关内容性，我对转录组和蛋白酶质组完成了聯合定量阐述。共检则到16个总共DEGs，1几个DEGs抒发新走势重复，5个DEGs抒发新走势反。之后完成了KEGG动物丰度定量阐述，后果表达DEGs和DEPs较高动物丰度了苯丙烷类动物自动合成图片前提条件，多次表达苯丙烷类动物自动合成图片前提条件是影响力拟南芥植株根部健康的关键前提条件（图3)。

图3|转录组和血清组的联办定量分析

(图源：Liu Y., et al., IJMS., 2024)

拜谱小结

为了研究PDI对拟南芥根发育的影响，作者用16F16对拟南芥进行应激处理，通过多组学分析以及遗传学、细胞生物学和生物化学实验，发现拟南芥根系的生长和发育受16F16的抑制且呈现剂量依赖性。本研究揭示了AtPDIs在根系生长发育中的潜在功能和机制，为未来PDI在拟南芥或其他植物中的功能研究奠定了基础。这一过程中拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合分析等组学技术服务产品体系，助力发表高分文献，欢迎致电咨询！

参考文献：Liu Y, Song P, Yan M, Luo J, Wang Y, Fan F. Integrated Transcriptome and Proteome Analysis Reveals the Regulatory Mechanism of Root Growth by Protein Disulfide Isomerase in Arabidopsis. Int J Mol Sci. 2024 Mar 22;25(7):3596. doi: 10.3390/ijms25073596

返回列表

拜谱生物:「上一篇」质谱技术的发展及其在蛋白质组学中的应用

「下一篇」Microbiome（IF=13.8）｜拜谱生物多组学技术揭示高尿酸血症引起的肠道菌群失调在肾损伤中的作用和潜在机制